Discendente da nobile famiglia genovese, fu concittadino e cugino del Papa Giulio II. È il primo vescovo della diocesi di Saluzzo. Fu preconizzato vescovo il 26 ottobre 1511. Nel breve pontificio inviato dal papa alla Marchesa Margherita di Foix, viene evidenziato il fatto che Giovanni Antonio della Rovere non avesse l’età prescritta per essere ordinato vescovo e che il Pontefice non intendeva perciò concedere dispensa; tuttavia lo nominava vescovo, affidandogli unicamente l’amministrazione della diocesi. Ora, il papa, che intendeva non derogare ai sacri canoni, gli concesse solamente di amministrare i beni derivanti dalla nomina vescovile; ebbe così il titolo di vescovo, le rendite inerenti (al vescovado) che propriamente non esigevano il carattere episcopale. Bisogna notare che per legge canonica, un vescovo non può esercitare la giurisdizione episcopale nella propria diocesi se non prendendone possesso direttamente o per procuratore.
Mons. Della Rovere, pertanto non avendo potestà d’ordine, scelse come suo vicario generale l’arciprete della cattedrale mons. Antonio Vacca, vescovo titolare di Nicomedia, come è confermato dall’”Ordinatio dei canonici della collegiata di Saluzzo”, in data 16 aprile 1512.
Fu nominato cavaliere di Gerusalemme e gran priore dell’ordine gerosolomitano per la provincia romana.
Non deve fare meraviglia che primo vescovo di Saluzzo sia stato nominato un giovane ventiduenne, perché secondo le usanze di quei tempi, frequentemente i benefici ecclesiastici erano conferiti a persone non ordinate sacerdoti.
Da tutto ciò si può desumere che Giulio II, conferendo il vescovado della città a Giovanni Antonio, nonostante la giovane età, abbia avuto motivi particolari, fra cui la parentela che l’eletto aveva con l’allora vescovo di Torino: Giovanni Francesco Della Rovere.
Pare che quest’ultimo sollevasse opposizioni per l’erezione della diocesi di Saluzzo, appoggiato anche dai duchi di Savoia. Con tale nomina venivano meno le varie difficoltà, perché il nuovo vescovo era un Della Rovere, unito in parentela con Giulio II. Conviene altresì ricordare come Giovanni Antonio portava il cognome dei Della Rovere, sebbene in realtà fosse figlio di Bartolomeo Grasso, savonese, la cui nonna materna, Maria Basso, era Luchina Della Rovere, sorella di Sisto IV e zia paterna di Giulio II.
I Basso come i Grasso divennero parenti dei due papi, perciò ne adottarono il cognome, con conseguenti privilegi e onori.
Mons. Giovanni Antonio, per la sua giovane età, non fu ordinato né sacerdote e né vescovo.
A pochi mesi di distanza dalla nomina a vescovo di Saluzzo, nell’agosto del 1512 rinunciò al vescovado in favore del fratello: Sisto.